No Templo e no Pórtico de Salomão, cavaleiros andavam no sangue dos sarracenos até os joelhos e as rédeas dos cavalos.
— Raimundo de Aguilers, cronista da Primeira Cruzada, descrevendo a conquista de Jerusalém (1099)
Antes mesmo que os cavaleiros organizados partissem, uma multidão de camponeses, clérigos e cavaleiros menores — liderada pelo pregador carismático Pedro, o Eremita — partiu em direção ao Oriente em abril de 1096. Esta "Cruzada Popular" (também chamada de "Cruzada dos Pobres") era uma massa desorganizada de talvez 40.000 pessoas, sem provisões adequadas, sem liderança militar competente e sem estratégia. Eles marcharam pelo Reno, pela Hungria e pelos Bálcãs, saqueando as populações locais para sobreviver.
No caminho, as hordas da Cruzada Popular cometeram um dos primeiros grandes crimes das Cruzadas: os massacres de comunidades judaicas nas cidades do Reno — Worms, Maguncia, Colônia e outras. Milhares de judeus foram mortos ou forçados ao batismo. Os perpetradores usaram a lógica perversa de que era contraditório ir lutar contra os "inimigos de Cristo" na Terra Santa enquanto os "inimigos de Cristo" viviam entre eles na Europa. Bispos e autoridades locais tentaram proteger os judeus — com sucesso limitado. Estes massacres inauguraram uma tradição de violência antissemita que marcaria as Cruzadas e a história europeia medieval.
Os cruzados chegaram às portas de Jerusalém em junho de 1099 — três anos após partirem da Europa. A cidade era defendida pelos Fatímidas egípcios, que haviam reconquistado Jerusalém dos Seljúcidas apenas um ano antes. Após um cerco de cinco semanas, os cruzados escalaram as muralhas em 15 de julho de 1099 e tomaram a cidade. O que se seguiu foi um dos episódios mais sangrentos das Cruzadas.
O cronista Raimundo de Aguilers descreveu a cena: "Havia no Templo e no Pórtico de Salomão cavaleiros andando no sangue dos sarracenos até os joelhos e as rédeas dos cavalos." Muçulmanos e judeus foram massacrados indiscriminadamente. A comunidade judaica de Jerusalém, que havia se refugiado na sinagoga, foi queimada viva. Estima-se que entre 10.000 e 70.000 pessoas foram mortas — os números variam enormemente conforme as fontes. Após o massacre, os cruzados foram ao Santo Sepulcro e oraram, chorando de alegria, com as mãos ainda manchadas de sangue.
O massacre de Jerusalém em 1099 é frequentemente comparado com a reconquista de Saladino em 1187, quando o sultão permitiu que os cristãos saíssem em paz. Este contraste é real e significativo. Mas é importante evitar a idealização de Saladino: ele também cometeu massacres em outras ocasiões (como a execução dos prisioneiros de Hattin). A violência não era monopólio de nenhum lado neste conflito.
Após a conquista de Jerusalém, os cruzados estabeleceram quatro estados no Levante: o Condado de Edessa (o primeiro a ser fundado e o primeiro a cair, em 1144), o Principado de Antioquia, o Condado de Trípoli e o Reino de Jerusalém. Estes estados eram ilhas cristãs em um mar muçulmano — dependentes de reforços constantes da Europa e vulneráveis a qualquer poder muçulmano unificado. Godofredo de Bulhão foi eleito governante de Jerusalém, mas recusou o título de "Rei" — preferindo o de "Advogado do Santo Sepulcro." Seu irmão Balduíno I (1100–1118) foi o primeiro a usar o título de Rei de Jerusalém.
A conquista de Jerusalém em 1099 levanta uma questão que os cruzados não se fizeram — mas que nós devemos nos fazer: o que Jesus pensaria deste massacre em seu nome? O mesmo Jesus que disse "Bem-aventurados os pacificadores" (Mt 5:9), que ordenou a Pedro "Guarda a tua espada" (Jo 18:11), que curou a orelha do servo do sumo sacerdote que Pedro havia cortado (Lc 22:51). O mesmo Jesus que morreu sem resistência, pedindo perdão para seus algozes. A conquista de Jerusalém em 1099 não foi um triunfo do Evangelho — foi uma traição do Evangelho, cometida em nome do Evangelho. Esta distinção é crucial para qualquer avaliação cristã das Cruzadas.